L’attuale edificio si erge sul luogo ove anticamente sorgeva il vecchio Palazzo denominato Domus Magna Comunis, costruito verosimilmente alla fine del secolo XIV che, dopo aver subito ripetuti restauri e consolidamenti, fu abbattuto alla fine dell’Ottocento perchè minacciava rovina. 

Il nuovo Palazzo Pubblico o Palazzo Governativo fu costruito tra gli anni 1884 -1894 su progetto dell’architetto romano Francesco Azzurri, presidente dell’Accademia di S. Luca a Roma, il quale, interpretando le aspettative e i gusti dei committenti sammarinesi, lo disegnò nello stile semplice e severo dei palazzi comunali dei secoli XIII e XIV.

Per i lavori di ricostruzione, e in particolare per quelli in pietra, furono impiegate maestranze locali dirette dal capomastro sammarinese Giuseppe Reffi, mentre le decorazioni pittoriche, i manufatti in ferro battuto e gli arredi furono eseguiti da artigiani forestieri, scelti appositamente dall’Azzurri.

Dopo cento anni di vita l’edificio, divenuto del tutto inidoneo alle moderne esigenze di sicurezza e funzionalità, è stato sottoposto a un complesso intervento di restauro e ristrutturazione, affidato all’architetto di fama internazionale Gae Aulenti, che si è concluso il 30 settembre 1996 con una solenne inaugurazione.

Il Palazzo, nel quale si svolgono le cerimonie ufficiali dello Stato, è sede dei principali organi istituzionali e amministrativi sammarinesi: i Capitani Reggenti, il Consiglio Grande e Generale, il Consiglio dei XII, il Congresso di Stato.